医路随听具有5q和7q缺失的髓系

bloodCancerJournal

IF8.

背景

急性髓性白血病（AML）是成人急性白血病中最常见的一种侵袭性髓系肿瘤。在无WHO定义的复发性结构变异（SV）的情况下，5号和/或7号染色体细胞遗传学上的可见性缺失指示了一种与复杂核型，致病性TP53变异以及不良预后相关的独特亚型。这项研究的目的是探讨5q和7q缺失，全基因组的基因复杂性，TP53突变与疾病结果之间的关系。

方法

搜索年和年的梅奥诊所基因组数据库（MayoClinicGenomicsdatabase），共计例诊断为髓系恶性肿瘤的患者，包括52例正常核型患者（NK），12例7q缺失患者（7qdel），19例5q缺失患者（5qdel），20例5q和7q同时缺失患者（5q/7qdel）（图1）。

图1:研究队列示意图

结果

通过末端配对测序（MPseq）分析发现，染色体5q的最小缺失区域为5q31.1-5q31.2，约6Mb，包含EGR1基因。染色体7q的最小缺失区域为7q32.1-7q34，约10Mb（图2）。与NK和7qdel亚型相比，5qdel和5q/7qdel亚型的总体基因组复杂性增加，且5q/7qdel的基因组复杂性最大。大多数5qdel以及5q/7qdel的病例具有复杂染色体重排，染色体破裂，5、12和17号染色体的SV等特征，而NK和7qdel的病例中则不存在这些特征。

图2:各个亚型CNVs和SVs的Circos图

评估这些病例中致病性与可能致病性的TP53缺失和单核苷酸变异（SNV）的发生率，在21％的病例中发现了TP53缺失，NK亚型中均未检测到TP53缺失，9％的7qdel，44％的5qdel和55％的5q/7qdel病例出现TP53缺失。在31％病例中鉴定出了致病性/可能致病性的TP53SNV，在1个NK病例中检测到TP53SNV，17％的7qdel，70％的5qdel和95％的5q/7qdel中检测到TP53SNV（图3）。

图3:患者中TP53缺失和SNV发生状态

还评估了5q和7q缺失，TP53变异状态和基因组复杂性对总体生存期（OS）的影响。NK患者的中位OS为天，7qdel患者为天，5q/7qdel患者与5qdel患者的中位OS显著缩短，分别为天和天（图4A）。TP53双等位基因突变患者中位OS为天，TP53单等位基因突变患者为天，较TP53正常患者的天也显著缩短（图4B、）。死亡风险最高的是5q/7qdel病例，其次是5qdel病例，7qdel和NK病例的死亡风险最低。

图4:患者生存曲线分析

该研究显示具有5q和7q缺失的髓系恶性肿瘤与额外的基因组复杂性，如高拷贝数负荷，复杂染色体重排，染色体破裂等，TP53双等位基因突变等以及非常差的总生存期相关，而这是传统的染色体研究并未意识到的。

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